Родился Никон недалеко от пустыни Сергия Радонежского, в Юрьеве-Польском. Еще в ранней молодости он узнал об ангельской жизни Сергия и мечтал послушать его наставления. По совету святителя отправился Никон в обучение  к его ученику, Афанасию Высоцкому, основателю Серпуховской обители. Святитель принял молодого человека, испытал и, увидев его твердую решимость служить Господу, постриг в иночество. Никон ревностно выполнял все иноческие послушания и был удостоен священнического чина.

Блаженный Афанасий любил Никона, но тот душой всей стремился в пустынь великого Сергия. Не более двух лет пробыл он в Высокой обители и по благословению Афанасия отправился посетить святителя. Сергий, видя его искреннее желание совершать подвиги во имя Господа и чистоту помыслов, оставил Никона в своей обители. Великий наставник сначала назначил ему служение по обители и познакомил с ним братию, потом принял в свою келью. Никон нашел в примере и наставлениях Сергия и духовную мудрость, и побуждения к высшим подвигам, и подкрепления в душевных скорбях. Сердце его было постоянно открыто для наставника. В последние годы своей жизни Сергий возложил на Никона часть своих забот о братии, а за 6 месяцев до кончины совсем передал ему начальство над обителью.

Никон, став настоятелем (1392), с точностью выполнял все заповеди великого основателя обители и разделял с братьями их труды. Но, тяготясь известностью и стремясь к безмолвию, он сначала уклонился от суеты начальствования в келью, а потом предоставил братии избрать другого игумена. В безмолвии он провел шесть лет. Когда же настоятель Савва отказался от должности, братия убедили Никона опять принять на себя труды игумена.

«Неприлично тебе, - говорили они, - искать пользы для себя одного, позаботься и о спасении ближних». Никон расстался с любимым уединением, но с условием - ежедневно предоставлять ему немного личного времени.

Пустынная жизнь текла тихо и богоугодно. Но недолго длилась эта благодать - вскоре прошел слух о нашествии Едигея со свирепым войском. Ужас охватил Россию. Преподобный Никон день и ночь молил Господа о защите и призывал на помощь переселившегося на небо наставника, дабы не погибли плоды трудов его пустынных. Раз после долгой молитвы сел он отдохнуть, и ему явились святители Петр и Алексий и с ними преподобный Сергий. «Так угодно судьбам Божьим, - сказал Сергий, - чтобы нашествие иноплеменников коснулось сего места. Но ты, чадо, не скорби, не смущайся: искушение будет непродолжительно и обитель не запустеет, а распространится еще более».

Предсказание исполнилось: обитель была сожжена, но Никон и братья, предупрежденные высшими силами, успели ее покинуть и унести с собой некоторые святыни. Книги и утварь, в том числе и вещи, принадлежащие Сергию. В конце декабря Едигей отступил от Москвы и скрылся в степях. Никон и братья возвратились на пепелище обители и после наставления небесного взялись за ее восстановление. Менее чем за три годы были построены здания для иноческого общежития; для общих молитв собирались в трапезной. Деревянный храм Святой Троицы был освящен 25 сентября 1417 г., в день преставления преподобного  Сергия. Впоследствии на этом месте был построен храм Сошествия Святого Духа.

Блаженного Никона любили не только братья и ученики, но власть предержащие. По просьбе доброго князя Владимира Андреевича он свидетельствовал его духовное завещание о разделе удела между детьми. Великий князь Василий Дмитриевич также почитал блаженного ученика преподобного Сергия, что видно из жалованных грамот князя - при Никоне Сергиева обитель приобрела несколько земель. Преподобный более всего заботился о душевном покое. При нем и по его указаниям в Сергиевой обители были сделаны два списка «Лествицы» с главами Григория Синаита, списки с поучений аввы Дорофея, бесед Филиппа-пустынника с аввой Варсонофием и с наставлением Исихия, богослужебных книг.

«Друг молчания, образец целомудрия» преподобный Никон занимался преимущественно богослужением, келейной молитвой, чтением книг и призывал к этому братьев. Наградой за свои труды для обители преподобный считал открытие мощей великого учителя Сергия. Это случилось при копании каменных рвов для каменного храма Святой Троицы. Святые мощи на время были определены в деревянный храм. Каменный храм, будущее место упокоения мощей великого Сергия, строился и украшался с благоговейной любовью и усердными молитвами; святые мощи были перенесены в новый храм при его освящении.

До глубокой старости Никон оставался бодр и трудился на благо обители. Почувствовав близость кончины, на одре болезни, призвал он братию и дал последние наставление: соблюдать чин молитвы, как можно реже покидать Божий дом, быть терпеливым в искушениях, слушать наставников, ненавидеть праздность, любить безмолвие, не пренебрегать бедностью. Скончался Никон 17 ноября 1426 года.